Protein 3D Viewer — PDB ID(실험적으로 결정된 X-ray/Cryo-EM 구조), AlphaFold UniProt accession(DeepMind AI 예측), 또는 ESMFold 입력 sequence(Meta AI 단일 sequence 예측)로 단백질 3차구조를 가져와 interactive하게 회전·확대 가능한 3D viewer로 시각화합니다. 3Dmol.js 기반.

(1) 타겟 단백질의 도메인·구조 모티프 시각 확인 (active site, binding pocket) (2) 신규 sequence (no PDB) → ESMFold로 빠른 구조 예측 (~10초) (3) Mutation 위치 확인 (key residue 표시) (4) Antibody-antigen, drug binding site 등 상호작용 모델링 기초

① 입력 모드 선택: • PDB ID (예: 1CRN, 6VXX SARS-CoV-2 spike) • AlphaFold (UniProt accession, 예: P12345) • ESMFold (amino acid sequence, ~400 aa 이하 권장) ② "Load Structure" 클릭 → 3D viewer 표시 ③ 인터랙션: • 마우스 드래그: 회전 • 휠: 확대/축소 • Style 선택: cartoon / stick / sphere / surface • Color 선택: spectrum (rainbow), chain, secondary structure ④ PNG export (스크린샷) ESMFold는 Meta ESM Atlas API 호출 — 10초 정도 소요. 단일 sequence 입력 (FASTA 헤더 제외).

예 1) SARS-CoV-2 Spike Protein → 입력 PDB ID: 6VXX → Trimer cartoon 자동 렌더링 → RBD 영역 (319-541 aa) 확인 → vaccine target 시각 검증 예 2) 신규 펩타이드 sequence (no PDB) → ESMFold 모드: "MVKVGVNGFGRIGRLVTRAAFNSGKVDIVAINDPFIDLNYMVYM..." → ~10초 후 구조 출력 (Rossmann fold 확인)